世紀(jì)之交，面對(duì)高等教育發(fā)展新的機(jī)遇與挑戰(zhàn)，學(xué)校提出新時(shí)期“一體兩翼三基”的辦學(xué)總格局和新型綜合性大學(xué)辦學(xué)目標(biāo)，進(jìn)一步擴(kuò)大辦學(xué)規(guī)模，改革人才培養(yǎng)模式，推進(jìn)素質(zhì)教育，提高人才培養(yǎng)質(zhì)量，開(kāi)展內(nèi)部管理改革，各項(xiàng)事業(yè)取得新的發(fā)展。
1999年1月9日，學(xué)校召開(kāi)中國(guó)共產(chǎn)黨五邑大學(xué)第四次黨員大會(huì)。
1999年7月17日，五邑大學(xué)在第四屆教代會(huì)和第五屆工代會(huì)上提出了“一體兩翼三基”的辦學(xué)總格局。
2008年1月4日，學(xué)校召開(kāi)中國(guó)共產(chǎn)黨五邑大學(xué)第五次黨員大會(huì)。
2008年，學(xué)校接受教育部本科教學(xué)水平評(píng)估并獲得優(yōu)秀等級(jí)，向僑鄉(xiāng)人民交了一份滿(mǎn)意答卷。
2009年，學(xué)校啟動(dòng)學(xué)院制改革工作，在全日制二級(jí)教學(xué)單位組建12個(gè)學(xué)院、1個(gè)系、2個(gè)教學(xué)部。
2010年開(kāi)始，學(xué)校加快人才培養(yǎng)模式改革的步伐，初步構(gòu)建起以“綜合實(shí)驗(yàn)班”為龍頭的應(yīng)用型人才協(xié)同培養(yǎng)的多樣化格局。
學(xué)校學(xué)科建設(shè)和科研創(chuàng)新取得系列成果，服務(wù)社會(huì)能力顯著增強(qiáng)。
2008年4月8日，學(xué)校召開(kāi)五邑大學(xué)董事會(huì)成立大會(huì)暨董事會(huì)第一次全體會(huì)議。
